海神的女儿波妞从深海出逃玩耍，却被困在玻璃瓶里冲到岸上，碰巧被住在岸边悬崖的宗介救出，两人因此相识。但是波妞的父亲——魔法师藤本，认为人类世界肮脏丑陋，强行把波妞带回海里。面对父亲的阻挠、席卷小镇

近未来，日本政要为了推进社会的发展，宣布正式开启提升智能机器人研究水平的“ARK计划”。秉承着一颗正直之心的光明寺信彦博士（长岛一茂 饰）参与其中，谁知相关负责人竟然假借“ARK计划”名义意图开发

风景如画、宁静祥和的海滨小镇，5岁男孩宗介（土井洋辉 配音）和妈妈理莎（山口智子 配音）相守度日。偶然的一天，宗介在海边见到了一个玻璃瓶，瓶中居然还有一条美丽可爱的小金鱼。金鱼名叫波妞（奈良柚莉爱