击退各种怪人，守护世界和平的警察大场博人（乡广美）唯一的放松便是与女儿亚希（上白石萌音）的视频通话。本以为明年退休后可以跟女儿一起悠闲生活的他不料却收到了恐怖袭击预告。

随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——　　村子的领袖，第七代

　　漩涡博人（三瓶由布子 Yuko Sanpei 配音）虽然是七代火影漩涡鸣人（竹内顺子 配音）的儿子，但是他并不以父亲为荣，父子间充满了误会。博人为了打败父亲，准备拜师宇智波佐助（杉山纪彰 配音），

经历了许多危险的旅程，在时空中与最可怕的怪物对决后，第十三任博士终于迎来了她最后的冒险，对抗她最致命的敌人:戴立克、赛博人和她的宿敌——法师。是谁在一个遥远的星系边缘攻击一辆高速行驶的列车？为什么地震