性格内向只知道一门心思读书的大学生金木研（洼田正孝饰），与偶然邂逅的美丽女孩神代利世（苍井优饰）兴趣相投。谁知一段时间交往过后，利世竟露出可怕的面容，意图生吃掉金木。原来利世是一种名叫“喰种”的变异人

在遥远的过去，因开采无限能源而招来涅加尔的侵袭、流亡至地球的异星幸存者，为地球创造了神代遗迹及文明延续至今。当地球面临同样的危机时，封存在遗迹中的巨大机器人苏醒，为了寻找在涅加尔袭击中下落不明的姐